โรงเรียนแห่งนี้ได้จัดตั้งขึ้นเนื่องในมหามงคลวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เสด็จเถลิงถวัลย์ราชสมบัติครบ 50 ปี ในวันที่ 9 มิถุนายน 2539
กระทรวงศึกษาธิการได้สำนึกในพระมหากรุณาธิคุณที่พระองค์ทรงมีต่อพสกนิกรชาวไทยอย่างล้นพ้น โดยเฉพาะในด้านการศึกษา ดังจะเห็นได้จากพระราชกรณียกิจที่ทรงให้แก่ประชาชนทุกเพศ ทุกวัย สะท้อนให้เห็นพระราชหฤทัยที่ทรงมุ่งมั่นส่งเสริมและเล็งเห็นความสำคัญของการศึกษา ในการพัฒนาบุคคลและประเทศชาติให้เจริญอย่างมีประสิทธิภาพได้
จึงถือเป็นโอกาสที่สำคัญยิ่งที่จะสนองพระมหากรุณาธิคุณเพื่อเป็นการถวายราชสักการะ และเป็นอนุสรณ์สถานทางการศึกษาให้อนุชนรุ่นหลังได้รำลึกถึงคุณงามความดีของพระองค์ท่านสืบไป
กระทรวงศึกษาธิการจึงได้จัดตั้ง
โรงเรียนในกระบี่ เป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาเฉลิมพระเกียรติเพิ่มขึ้นอีก 9 โรงในปีการศึกษา 2538 โดยรับผู้เรียนเป็นสหศึกษาประเภทประจำ-ไปกลับ เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เสด็จเถลิงถวัลย์ราชสมบัติครบ 50 ปี และจังหวัดกระบี่เป็นจังหวัดหนึ่งที่กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียน โดยเรียกชื่อครั้งแรกว่า
“โรงเรียนเฉลิม-พระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ทรงครองราชย์ ครบ 50 ปี”
ในวันที่ 28 พฤษภาคม 2539 กระทรวงศึกษาธิการได้รับพระมหากรุณาธิคุณอันสูงสุดยิ่งจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช พระราชทานชื่อโรงเรียนมัธยมศึกษาที่จัดตั้งขึ้นเพื่อเฉลิมพระเกียรติเนื่องในมหามงคลวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช เสด็จเถลิงถวัลย์ราชสมบัติครบ 50 ปี “โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย กระบี่”ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการเปลี่ยนชื่อโรงเรียน ลงวันที่ 29 พฤษภาคม 2544
ในวันที่ 19 มิถุนายน 2539 สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ให้คำขวัญแก่โรงเรียนกาญจนาภิเษกว่า “อกตํ ทุกฺกฎ เสยฺโย” ความชั่วไม่ทำเสียเลยดีกว่า
ในวันที่ 28 มิถุนายน 2539 ได้ทรงพระบรมราชานุญาตเชิญอักษรพระปรมาภิไธยย่อ ภปร.และพระมหาพิชัยมงกุฎเป็นเครื่องหมายของกลุ่ม
โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย จำนวน ๙ โรง และยังได้พระราชทานสีประจำโรงเรียน คือ สีเหลืองทอง-น้ำเงิน
ในวันที่ 16 พฤษภาคม 2539 โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย กระบี่ ได้เปิดทำการเรียนการสอนในปีแรกโดยรับผู้เรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน 90 คน จากโรงเรียนต่างๆในเขตการศึกษา 4 (จังหวัดกระบี่ จังหวัดตรัง จังหวัดพังงา จังหวัดภูเก็ต และจังหวัดระนอง) ประเภทประจำ
โรงเรียนได้จัดพิธีวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 6 มีนาคม 2540 โดยสมเด็จพระเทพ-รัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารีพระราชทานแผ่นศิลาฤกษ์ และผู้ว่าราชการจังหวัดกระบี่ (นายสถิต แสงศรี) เป็นประธานในพิธีวางศิลาฤกษ์ โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัยกระบี่ และปลูกต้นโพธิ์กาญจนา
ในวันที่ 10 เมษายน 2539 นายนิติมิตร รัตนดิลก ณ ภูเก็ต อาจารย์ใหญ่โรงเรียนลันตาราชประชา-อุทิศ ได้รับการแต่งตั้งให้รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย กระบี่
ในวันที่ 15 พฤษภาคม 2539 นายนิติมิตร รัตนดิลก ณ ภูเก็ต ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย กระบี่
ในวันที่ 30 ธันวาคม 2541 นายนิติมิตร รัตนดิลก ณ ภูเก็ต ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย กระบี่
ในวันที่ 1 ตุลาคม 2543 นายนิติมิตร รัตนดิลก ณ ภูเก็ต ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ
โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย กระบี่ จนถึงปัจจุบัน